Nel 1206, quando Guglielmo I-Salusio IV de Lacon-Massa, giudice di Cagliari, e Ugone I de Bas-Serra, giudice di Arborea, concordarono il confine fra i rispettivi regni, una parte delle "ville" comprese nella curatoria della Marmilla, tra cui quella di Barumini, passarono dal giudicato di Arborea a quello di Cagliari, al quale rimasero fino alla sua caduta in mano pisana nel 1258, quando ritornarono all'Arborea. La chiesa di San Giovanni è caratterizzata dalla configurazione planimetrica a due navate absidate, realizzate però in due distinte fasi edilizie. Mancano notizie sulla fabbrica tardoromanica, costituita dalla navata meridionale e realizzata in conci di arenaria di media pezzatura, disposti senza regolarità, ascrivibile alla seconda metà del XIII secolo, epoca a cui risale anche la prima attestazione del toponimo Barumini.La chiesetta edificata nel XII Secolo, con pietra locale di trachite e basalto in Stile Romanico, è stata consacrata nel 1316, come attesta una pergamena che è stata rinvenuta sotto l’Altare durante i restauri del 1905. Fu il Vescovo di Usellus Roberto Drago, dell’ordine dei Predicatori, a consacrare la chiesa.
Il documento di consacrazione è molto interessante. Vi sono scritte importantissime notizie riguardanti il nostro paese. Barumini inizialmente faceva parte della diocesi di Usellus, sino a quando questa venne incorporata alla diocesi di Oristano. La pianta originale della chiesetta possedeva una navata ed un Abside, in seguito nel XVII secolo l’aula venne ampliata e furono aggiunti un’altra navata, un altro Abside e due portoni. Durante la dominazione Spagnola, la chiesa era sede della Confraternita della Buona Morte.
Al suo interno è presente il pilastro, nel quale leggenda vuole che venisse legato il condannato a morte prima della sua esecuzione. La Confraternita si riuniva a pregare con lui. Nel 1831 la chiesa fu sconsacrata.